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1. 咳嗽變異性哮喘：慢性咳嗽最常見的病因之一，亦是一種特殊類型的哮喘。

咳嗽是其唯一或主要臨床表現，夜間明顯。患者無明顯喘息、氣促等癥狀或體征，但存在氣道高反應性。

2. 嗜酸粒細胞性支氣管炎：患者主要表現為慢性刺激性咳嗽，干咳或咳少許白色黏液痰，多為白天咳嗽。

接觸油煙、灰塵、異味或冷空氣易誘發咳嗽。患者無氣道高反應性，但痰嗜酸粒細胞百分比增高。

3. 胃食管反流性咳嗽：因胃酸和其他胃內容物反流進入食管，導致以咳嗽為突出表現的臨床綜合征。

40%-68%的胃食管反流性咳嗽患者可伴反酸、胸骨后燒灼感及噯氣等典型反流癥狀，但也有不少患者以咳嗽為唯一癥狀。

4. 上氣道咳嗽綜合征（鼻后滴流綜合征）：由于鼻部疾病引起分泌物倒流至鼻后和咽喉等部位，直接或間接刺激咳嗽感受器，導致以咳嗽為主要表現的臨床綜合征。

5. 變應性咳嗽：某些慢性咳嗽患者具有特應質（存在過敏史或者過敏原檢查陽性），痰嗜酸粒細胞比例正常，無氣道高反應性，此類咳嗽提示是變應性咳嗽。

6.其他：慢性咳嗽的少見、罕見病因包括軀體性咳嗽綜合征、心理性咳嗽、抽搐性咳嗽、心律失常相關咳嗽等。